Цветки обоеполые сиреневые, собраны в ложные мутовки, расположенные на верхушке стебля в виде крупного метельчатого соцветия. Плод состоит из 4 буровато-коричневых орешков. Цветет Шалфей Мускатный в июле - августе, плоды созревают в сентябре - октябре.